隔着鹿耳门溪与土城圣母庙相对的鹿耳门天后宫，也是以正统鹿耳门圣母庙自居的一座妈祖庙，宫中供奉的妈祖雕像，是采用稀有的大陆宣芝材料（檀木）雕刻而成，佛相庄严娴慈，神体有蟒龙缠绕护身，座椅上还刻有8只神态各异的狮子，雕工细腻。根据专家推论，此尊神像至少有800年以上的历史。
鹿耳门天后宫历多次重修，建筑华丽，为南方寺庙闽式建筑代表，三川五门、三川殿、正殿、后殿、左右回廊贯通其间，三殿形式格局齐备。三川殿祀文衡帝君、延平郡王；正殿主祀开基妈祖，配祀四海龙王、水仙尊王；后殿奉祀观音佛祖，陪祀文昌帝君、三官大帝、南北斗星君、十八罗汉等神纸。
天后宫重重飞詹，耸立于广袤盐田水塘之间，一路逶迤延伸至鹿耳门溪出海口。每年农历12月24日至翌年3月23日妈祖圣诞，庙方举办为期3个月的文化季活动，动员地方子弟、乡绅耆宿，从腊月24日清晨的送神封印大典、御风舞开始，陆续推出赐通宝、过平安桥、迎喜神、掷怀抽四季签、施放妈祖灯、妈祖祭等系列活动，重新体验宗教礼俗丰富的宝藏。
